☆

Після останньої дуелі з Атемом Юґі Муто намагається повернутися до звичайного життя, але Міленіумний Пазл, здавалося б, назавжди похований у пісках, знову стає центром надприродної бурі. У випускному класі з'являється таємничий Айґамі, чия холодна сила стирає межу між дуеллю та реальністю. Коли однокласники починають зникати один за одним, Юґі усвідомлює, що Айґамі полює не лише за артефактом, а й за самим зв'язком із Фараоном. Щоб зупинити його, Юґі мусить об'єднати зусилля з давнім суперником Сето Кайбою, адже лише вирішальна дуель здатна розкрити правду та врятувати тих, кого вже поглинула темрява.

У Нью-Йорку з'являються новини про сутичку між Черепашками-ніндзя та Червоними Драконами, хоча справжні герої не робили жодного вилазки. Сплінтер незадоволений, але незабаром з'ясовується: з паралельного виміру прибули точні копії черепашок, подвоївши команду. Разом із двійниками крізь космічний портал проникають і вороги — Кренг та Шредер, які шукають підтримки своїх місцевих аналогів. Звільнений Ч'Релл, прототип Шреддера, відмовляється ділити владу й діє сам. Черепашки отримують нову зброю та телепорт, але лиходії викрадають Сплінтера, щоб заманити героїв у пастку. На чиєму боці буде перемога — невідомо.

Улюблені герої знову боронять рідне місто, та попри щоденні перемоги над злочинністю, ворогів не меншає. Цього разу на них чекає давній супротивник, який мріє про світове панування й титул найзухвалішого лиходія всіх часів. Його нове військо фанатиків готове на все заради свого ватажка. А ще глядачі зазирнуть у минуле черепашок і нарешті отримають відповіді на давні запитання.